6-Chloro-4-methoxy-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้ในงานวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาเนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เอื้อต่อการปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพทางชีวภาพ นิยมใช้ในการศึกษาการออกแบบยาเพื่อยับยั้งเอนไซม์หรือโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง โรคเกี่ยวกับระบบภูมิคุ้มกัน และโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกการทำงานของสารประกอบทางชีวภาพอีกด้วย