ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยทำหน้าที่เป็นตัวเชื่อม (linker) หรือตัวทำปฏิกิริยาในการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้างพิเศษ เช่น สารยับยั้งเอนไซม์ หรือโมเลกุลที่ใช้ติดตามการทำงานของโปรตีนในเซลล์ เนื่องจากหมู่ไอโซไทโอไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยากับหมู่แอมีนของกรดอะมิโน เช่น ไลซีน ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากโปรตีนหรือการสร้างคอนจูเกต (conjugate) กับแอนติบอดีหรือลิแกนด์เฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านอักเสบ หรือสารต้านมะเร็ง โดยอาศัยโครงสร้างไพราโซลที่สามารถแทรกซึมเข้าสู่เซลล์ได้ดี