ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารกำจัดแมลงและสารป้องกันเชื้อรา โครงสร้างของสารนี้ช่วยในการออกแบบสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะในศัตรูพืชและเชื้อก่อโรค ใช้บ่อยในเคมียารักษาเพื่อสร้างอนุพันธ์เบสพิราซอลที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านจุลชีพ หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อสำรวจความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมในสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่มีฟลูออรีน โดยหมู่ไตรฟลูออรีนช่วยเพิ่มความคงตัวทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก