2,5-ดีออกซีฟรุกโตไซซีนเป็นสารกลางสำคัญที่เกิดขึ้นในกระบวนการไมลาร์ด (Maillard reaction) ระหว่างการแปรรูปอาหาร โดยมีส่วนช่วยในการเกิดสีน้ำตาลและพัฒนากลิ่นหอมแบบคั่ว ถั่ว ในผลิตภัณฑ์เบเกอรี่และของว่างแปรรูป สารนี้เกิดจากการทำปฏิกิริยาระหว่างน้ำตาลรีดิวซ์และกรดอะมิโนภายใต้ความร้อน ทำให้เกิดคุณสมบัติทางประสาทสัมผัสที่น่าพึงประสงค์ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับกระบวนการไกลโคซิเลชันที่ไม่ต้องอาศัยเอนไซม์ (non-enzymatic glycosylation) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการเสื่อมสภาพของโปรตีนในร่างกาย สามารถใช้เป็นตัวบ่งชี้การเกิดภาวะเครียดจากออกซิเดชันและภาวะแทรกซ้อนจากโรคเบาหวาน เช่น โรคไต หรือความเสื่อมของหลอดเลือด นักวิจัยยังใช้เพื่อศึกษาผลกระทบของสารต้านอนุมูลอิสระ เนื่องจากสามารถยับยั้งการก่อตัวของสารนี้ได้ มีศักยภาพในการพัฒนาเป็นตัวชี้วัดประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับการชะลอวัยและโรคเรื้อรัง รวมถึงคุณสมบัติต้านอนุมูลอิสระในระบบจำลองอาหาร สารนี้แสดงพิษต่ำและปลอดภัยในระดับที่พบในอาหารหรือการใช้งานวิจัยทั่วไป