5-Fluoro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้ง kinase ซึ่งมีความสำคัญในการรักษามะเร็งและโรคอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจในการสร้างสารประกอบที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท โดยอาศัยความสามารถในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมของเอนไซม์เฉพาะ อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในการออกแบบยาเพื่อประสิทธิภาพที่ดีขึ้นและเภสัชจลนศาสตร์