6-Chloro-N,N-dimethylpyrazin-2-amine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช คุณสมบัติทางโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่โต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง ซึ่งช่วยในการพัฒนายาเพื่อการรักษาที่มีศักยภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ เพื่อสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อนซึ่งจำเป็นต่อการค้นพบยาและเคมียารักษา ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการออกแบบยาใหม่ๆ