2-Amino-5-bromo-3-ethynylpyrazine ใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อศักยภาพทางชีวภาพ สารเคมีนี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไพราซีน ซึ่งสามารถปรับแต่งเพิ่มเติมเพื่อสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส หรือยาต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ กลุ่มเอทินิลของมันช่วยให้เข้าร่วมในปฏิกิริยาเคมีคลิก ซึ่งช่วยให้สร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนด้วยความแม่นยำสูง สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ โดยระบบคอนจูเกตของมันสามารถมีส่วนช่วยในคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์ที่ต้องการ โดยรวม ความหลากหลายทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบใหม่ๆ ทั่วหลายสาขาวิทยาศาสตร์