6-Bromo-3-chloropyrazin-2-amine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพเป็นยาแก้โรคจิตและยาต้านอาการซึมเศร้า นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารประกอบพื้นฐานในการวิจัยเกษตรเคมี ช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ความสามารถในการเกิดปฏิกิริยาของสารประกอบนี้ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้มีความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์และเคมีเภสัชกรรม