5-Methoxypyrazine-2-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในกระบวนการ coupling reaction เช่น Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาไรล์หรือวินิลฮาไลด์ สารนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพเนื่องจากโครงสร้างไพราซีนที่มีหมู่เมทอกซีและโบรอนิกแอซิดช่วยเพิ่มความหลากหลายในการออกแบบโมเลกุล นอกจากนี้ยังอาจนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ๆ ในสาขาเคมีวัสดุอีกด้วย