2,5-ไพราซีนไดเอมีนถูกใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาที่เล็งเป้าไปที่วัณโรคและการติดเชื้อแบคทีเรียอื่นๆ บทบาทของมันในการพัฒนายาต้านวัณโรคมีความสำคัญอย่างยิ่ง เนื่องจากช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ยับยั้งการเจริญเติบโตของ Mycobacterium tuberculosis นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งถูกนำมาใช้ในการสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนซึ่งจำเป็นในโครงการเคมีทางยาต่างๆ ความสามารถในการทำปฏิกิริยาและการสร้างพันธะที่เสถียรทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในการออกแบบยารักษาใหม่