5-Bromo-3,6-dichloropyrazin-2-amine เป็นสารเคมีที่ใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น ยาต้านจุลชีพ ยาต้านมะเร็ง หรือสารต้านอนุมูลอิสระ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรสำหรับการสังเคราะห์ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ เนื่องจากความสามารถในการนำเสนอรูปแบบฮาโลเจนเฉพาะที่เพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ บทบาทของมันในวิทยาศาสตร์วัสดุก็เด่นชัด โดยสามารถใช้ในการพัฒนาวัสดุอินทรีย์เฉพาะทางที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์ ความหลากหลายของสารประกอบนี้ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการส่งเสริมการวิจัยข้ามสาขาวิชาการวิทยาศาสตร์หลายสาขา