Methyl 5-(dibromomethyl)pyrazine-2-carboxylate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตรต่างๆ กลุ่ม dibromomethyl ของมันมีความตอบสนองสูง ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาการแทนที่และการจับคู่ ในเคมียารักษา มันมักถูกใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ pyrazine ซึ่งถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเกิดขึ้น รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลชีพและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในการเตรียมสารเคมีพิเศษและเคมีภัณฑ์ละเอียด โดยโครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันช่วยในการสร้างสารประกอบใหม่ที่มีหน้าที่เฉพาะเจาะจง