3,6-Difluoropyrazine-2-carboxamide เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่ม difluoropyrazine และ carboxamide ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทหรือมะเร็ง นักวิจัยใช้คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ ยังอาจนำไปใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจากความยืดหยุ่นและปฏิกิริยาของโครงสร้าง