Methyl 7-aminothieno[2,3-b]pyrazine-6-carboxylate ถูกนำมาใช้หลักในสาขาเคมีทางการแพทย์เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาโมเลกุลเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อคุณสมบัติทางรักษา สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้บ่อยในการออกแบบและสังเคราะห์ยาใหม่ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคเช่นมะเร็ง การอักเสบ และโรคติดเชื้อ แกน thienopyrazine ที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถสร้างอนุพันธ์ที่หลากหลายซึ่งสามารถโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะ ทำให้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายในการวิจัยเภสัชกรรม นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการทางวิชาการและอุตสาหกรรมเพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) และปรับปรุงคุณสมบัติคล้ายยาสำหรับการประยุกต์ใช้ทางคลินิกที่เป็นไปได้