ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยในการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย เพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร ในพัฒนายา ใช้สร้างสารที่มีผลบำบัด โดยเฉพาะในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ ในเกษตรเคมี ช่วยผลิตยาฆ่าแมลงหรือวัชอุทิศที่มีประสิทธิภาพและการเลือกสรรที่ดีขึ้น แกน difluoropyrazine ยังนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยรวมเข้าในวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์เนื่องจากคุณสมบัติดึงดูดอิเล็กตรอน