6-Fluoro-3-formylchromone ถูกนำไปใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่ฟอร์มิลและอะตอมฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าสำหรับการพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์อนุพันธ์โครโมนที่มีศักยภาพทางชีวภาพ มันมักถูกใช้ในเคมีทางการแพทย์เพื่อสร้างสารประกอบที่อาจแสดงฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ หมู่ฟอร์มิลที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ซึ่งเอื้อต่อการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกและอนุพันธ์อื่นๆ ที่ใช้ในการค้นพบและพัฒนายา การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับการออกแบบสีย้อมเรืองแสงและวัสดุฟังก์ชันอื่นๆ