2,6-Dibromopurine ใช้หลักๆ เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์พิวรีนต่างๆ ซึ่งมีความสำคัญในเคมีเภสัชกรรมและการพัฒนายา มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ ซึ่งถูกศึกษาอย่างกว้างขวางสำหรับคุณสมบัติต้านไวรัสและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อปรับโครงสร้างพิวรีน ทำให้สามารถพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง บทบาทของมันในการเตรียมนิวคลีโอไซด์และนิวคลีโอไทด์ที่ถูกปรับเปลี่ยนทำให้มีคุณค่าในการวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาระดับโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษาการโต้ตอบของ DNA และ RNA