ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของเพอรีนสามารถแทรกตัวเข้าไปในสายดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอได้ ทำให้รบกวนการจำลองตัวของเซลล์หรือไวรัส สารอนุพันธ์จาก 2-คลอโร-6-เมทิล-9H-เพอรีน จึงถูกพัฒนาต่อเป็นสารตั้งต้นในการสร้างนิวคลีโอไทด์สังเคราะห์ที่ใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเกี่ยวกับชีววิทยาโมเลกุล และยังมีการประยุกต์ใช้ในกระบวนการพัฒนายาที่ต้องการเจาะจงเป้าหมายทางชีวภาพสูง