2-Chloro-6-methoxypurine ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาหลากหลายชนิด โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง ซึ่งโครงสร้างของมันช่วยในการปรับเปลี่ยนนิวคลีโอไซด์และนิวคลีโอไทด์ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการวิจัยที่มุ่งเน้นการเผาผลาญพิวรีนและการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์ สนับสนุนความก้าวหน้าในเคมีชีววิทยาและเคมียารักษาโรค การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปถึงการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติกำจัดวัชพืชหรือกำจัดศัตรูพืช