ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งปั๊มโปรตอน เช่น โอเมพราโซล และ เอโซเมพราโซล ซึ่งเป็นยาที่สั่งจ่ายกันอย่างแพร่หลายสำหรับการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับกรดในกระเพาะอาหาร รวมถึงโรคกรดไหลย้อน (GERD) และแผลในกระเพาะอาหาร โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ที่มีประสิทธิภาพในการก่อตัวของอนุพันธ์เบนซิมิดาโซล ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตทางเภสัชกรรม รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลายในขั้นตอนการสังเคราะห์ โดยทั่วไปใช้ในกระบวนการแปลงอินทรีย์หลายขั้นตอนภายใต้สภาวะที่ควบคุมเพื่อให้แน่ใจในผลผลิตสูงและความบริสุทธิ์ของส่วนประกอบยาสำคัญที่ใช้งานได้