สารประกอบนี้ใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางในการสังเคราะห์ตัวยารักษาต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งโปรตอนปั๊ม (PPIs) ซึ่งใช้รักษาโรคระบบทางเดินอาหาร เช่น กรดไหลย้อน แผลในกระเพาะ และโรคกรดไหลย้อน (GERD) โครงสร้างเบนซิเมดาซอลของสารนี้มีบทบาทสำคัญในการจับกับโปรตอนปั๊มในเยื่อบุกระเพาะอาหาร ช่วยลดการผลิตกรดอย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ กลุ่มเมทอกซีและไพริดินิลช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพ ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพและยาวนาน นักวิจัยยังสำรวจศักยภาพในการสร้างยาใหม่สำหรับโรคอื่นๆ โดยใช้คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อผลลัพธ์การรักษาที่ดีขึ้น