โซเดียม 2-(อะซิทิลไทโอ)เอเทนซัลโฟเนต ใช้หลักๆ ในสาขาชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล เป็นสารเคมีสำหรับการปรับเปลี่ยนและวิเคราะห์โปรตีน มักใช้ในการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน โดยเฉพาะการปรับเปลี่ยนหน่วย cysteine ในโปรตีน สารเคมีนี้ช่วยในการนำหมู่ฟังก์ชันเฉพาะเจาะจงเข้าไป ทำให้ผู้วิจัยสามารถสำรวจปฏิกิริยาของโปรตีน การพับตัว และพลวัต

นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์ชีวภาพและเครื่องมือวินิจฉัย โดยช่วยในการตรึงหรือติดฉลากโมเลกุลชีวภาพเพื่อวัตถุประสงค์การตรวจจับ บทบาทของมันในการสร้างพันธะไทโอเอเทอร์ที่เสถียรทำให้มีคุณค่าในการออกแบบระบบส่งยาแบบกำหนดเป้าหมายและยารักษา เพิ่มความจำเพาะและประสิทธิภาพ ในสภาพแวดล้อมอุตสาหกรรม อาจนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษและโพลิเมอร์ สนับสนุนการผลิตวัสดุขั้นสูงที่มีคุณสมบัติปรับแต่งได้