BB-Cl-Amidine ถูกใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งที่แรงและเลือกเฉพาะของโปรตีนอาร์จินีนเดอไอมีเนส (PADs) เอนไซม์เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการปรับเปลี่ยนหลังการแปลของโปรตีน โดยเฉพาะการแปลงของเหลืออาร์จินีนเป็นซิทรัลลีน โดยการยับยั้งกิจกรรมของ PAD, BB-Cl-Amidine ช่วยให้นักวิจัยศึกษาฟังก์ชันทางชีววิทยาของเอนไซม์เหล่านี้ในกระบวนการทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยาต่างๆ เช่น การอักเสบ โรคภูมิต้านตนเอง และมะเร็ง การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการทำความเข้าใจบทบาทของการซิทรัลลิเนชันในโรคเช่นโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์และโรคสมองเสื่อมหลายส่วน ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกสู่เป้าหมายการรักษาที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ BB-Cl-Amidine ยังถูกใช้ในการค้นพบยาเพื่อพัฒนาการรักษาสำหรับภาวะที่เกี่ยวข้องกับกิจกรรม PAD ที่ผิดปกติ