ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาโมเลกุลอะโรมาติกที่ฟลูออรีนและโบรมีนแทนที่ หน้าที่ของไซลิลอีเทอร์ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับแอลกอฮอล์ในระหว่างการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน ซึ่งช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรที่ตำแหน่งอื่นๆ ในโมเลกุลได้ การมีทั้งหมู่โบรโมและฟลูออโรช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยาซูซูกิหรืออัลมานน์ ทำให้มีคุณค่าต่อเคมีเภสัชกรรมในการสร้างโครงสร้างยาที่ซับซ้อน ใช้กันอย่างแพร่หลายในงานวิจัยสำหรับการเตรียมโมเลกุลที่มีกิจกรรมชีวภาพและตัวแทนบำบัดที่เป็นไปได้