Boc-Phe-Pro-OH ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการสร้างลำดับเปปไทด์ที่ซับซ้อน เนื่องจากกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่ช่วยให้สามารถควบคุมการเชื่อมต่อของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ ในขั้นตอนการสังเคราะห์ Boc-Phe-Pro-OH มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะเจาะจง ซึ่งมีประโยชน์ในงานวิจัยทางชีววิทยาและยา นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และปฏิกิริยาทางชีวเคมีอีกด้วย