ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับทริปโตเฟน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ กลุ่ม Boc ของมันช่วยปกป้องฟังก์ชันอะมิโนและอินโดล ป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ ใช้อย่างแพร่หลายในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) เพื่อสร้างเปปไทด์ซับซ้อนด้วยความแม่นยำสูง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตยาและเปปไทด์ชีวภาพ โดยเฉพาะที่ต้องการสารตกค้างทริปโตเฟน ความคงตัวภายใต้สภาวะกรดทำให้เหมาะสำหรับขั้นตอนการถอดกลุ่มป้องกันในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์