Boc-Cha-OH ถูกใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโน โดยเฉพาะสำหรับหมู่อะมิโนของ cyclohexylalanine (Cha) ช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ ใช้อย่างแพร่หลายใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) เพื่อให้แน่ใจในขั้นตอนการกำจัดป้องกันและการจับคู่แบบเลือกเพศ ความคงตัวภายใต้สภาวะกรดทำให้เหมาะสำหรับการประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาและเปปไทด์ชีวภาพที่กระตุ้นปฏิกิริยา ซึ่งต้องการการควบคุมลำดับกรดอะมิโนอย่างแม่นยำ การกำจัดออกทำได้ภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ โดยรักษาความสมบูรณ์ของโซ่เปปไทด์