H-Trp(Boc)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนในกระบวนการทางเคมี โดยเฉพาะในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนทริปโตเฟน (Tryptophan) ในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ กลุ่ม Boc (tert-Butyloxycarbonyl) ที่ต่ออยู่กับทริปโตเฟนช่วยป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่ต้องการในขั้นตอนการสังเคราะห์ หลังจากเสร็จสิ้นกระบวนการสังเคราะห์แล้ว กลุ่ม Boc สามารถถูกกำจัดออกได้ง่ายด้วยการใช้กรด ทำให้ได้เปปไทด์หรือโปรตีนที่บริสุทธิ์และมีโครงสร้างที่ถูกต้อง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพใหม่ๆ