Boc-2-methoxy-L-phenylalanine ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยในการประกอบโซ่เปปไทด์อย่างควบคุม กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ปกป้องหมู่เอมีน ป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการสังเคราะห์ กลุ่มเมทอกซี่บนวงแหวนฟีนิลสามารถมีอิทธิพลต่อกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรของเปปไทด์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์ที่ถูกดัดแปลงสำหรับการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ ช่วยในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายา 기반เปปไทด์ ซึ่งต้องการการดัดแปลงเฉพาะเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือ bioavailability โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) และการศึกษาทางชีวเคมี เภสัชวิทยา รวมถึงการวิจัยด้านเคมีอินทรีย์