D-Phenylalanine Benzyl Ester p-Toluenesulfonate ถูกนำไปใช้หลักในสาขาการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ phenylalanine ซึ่งกลุ่มเอสเตอร์เบนซิลทำหน้าที่เป็นส่วนป้องกันสำหรับกลุ่มคาร์บอกซิล เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการผลิตเปปไทด์ด้วยความแม่นยำและประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการเตรียมอนุพันธ์และอนุโลมเปปไทด์ เพื่อช่วยในการศึกษาความโครงสร้างและหน้าที่ของเปปไทด์ บทบาทในการป้องกันกรดอะมิโนช่วยให้การประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนประสบความสำเร็จ ทำให้เป็นสารเคมีที่สำคัญในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรม