H-Lys(Boc)OMe ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของไลซีน กลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์แบบขั้นตอนด้วยความแม่นยำสูง หลังจากประกอบสายเปปไทด์เสร็จ กลุ่ม Boc สามารถถูกกำจัดออกอย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะกรด เผยให้เห็นกลุ่มอะมิโนอิสระสำหรับปฏิกิริยาต่อไป นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเปปไทด์ที่ดัดแปลงและ peptidomimetics ซึ่งมีความสำคัญต่อการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยก่อสร้างในการสังเคราะห์ชีวโมเลกุลที่ซับซ้อน ช่วยในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน