N-BOC-4-(Trifluoromethyl)-L-phenylalanine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างเปปไทด์และโปรตีนที่มีโครงสร้างซับซ้อน เนื่องจากกลุ่ม BOC (tert-butyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่ช่วยป้องกันหมู่ฟังก์ชันบางอย่างในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมและปรับแต่งโครงสร้างโมเลกุลได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ หมู่ trifluoromethyl ที่ตำแหน่ง 4 ของวงแหวน phenylalanine ช่วยเพิ่มความเสถียรและอิทธิพลทางอิเล็กทรอนิกส์ให้กับโมเลกุล ซึ่งส่งผลต่อการออกฤทธิ์ทางชีวภาพของสารประกอบที่สังเคราะห์ขึ้น สารนี้จึงมักถูกใช้ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทและโรคมะเร็ง