Nα-Acetyl-L-lysine Methyl Ester Hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน มีบทบาทสำคัญในการศึกษาปฏิกิริยาเอนไซม์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวข้องกับการอะซิติเลชันของไลซีน ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในการทำความเข้าใจการควบคุม epigenetic และเส้นทางการส่งสัญญาณในเซลล์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาอะมิโนกรดที่ถูกดัดแปลงสำหรับการค้นพบยา ช่วยในการสร้างยารักษาที่มุ่งเป้าไปยังโรคที่ได้รับอิทธิพลจากอะซิติเลชันของโปรตีน นอกจากนี้ ยังเป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการวิจัยโปรเตโอมิกส์ในการวิเคราะห์การดัดแปลงหลังการแปลรหัสและผลกระทบต่อการทำงานของโปรตีน