5-Methyl N-Carbobenzoxy-L-glutamate ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นสารป้องกันกลุ่มคาร์บอกซิลของกรดกลูตามิก ช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ระหว่างการเกิดพันธะเปปไทด์ ทำให้สามารถปรับเปลี่ยนกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเจาะจงได้ สารนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งต้องการการควบคุมปฏิกิริยาเคมีอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการเตรียมสารกลางทางเภสัชกรรม สนับสนุนการพัฒนายาและโมเลกุลชีวภาพ ความเสถียรและการกำจัดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะอ่อนโยนทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการวิจัยทางเคมีอินทรีย์และเคมียา