สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ซึ่งมีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) เนื่องจากมีกลุ่มป้องกันสองกลุ่ม กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ปกป้องส่วนของอะมิโน ขณะที่กลุ่ม 4-เมทอกซีฟีนิลไดฟีนิลเมทิล (MMTr) ปกป้องกลุ่มอะมิโนข้างเคียง ทำให้สามารถคัดลอกการกำจัดป้องกันได้อย่างเลือกสรรในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สนับสนุนการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบทีละขั้นตอน การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี ซึ่งต้องการการควบคุมลำดับเปปไทด์อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเปปไทด์ รวมถึงฮอร์โมน ยาปฏิชีวนะ และตัวยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาการรักษาทางการแพทย์