N-Fmoc-N-Methyl-beta-alanine เป็นสารที่ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะ กลุ่มป้องกัน Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) มีประโยชน์อย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันได้อย่างเลือกสรรและทำปฏิกิริยาคูปลิงต่อไปได้ กลุ่ม N-methyl ช่วยนำข้อจำกัดทางโครงสร้างแบบยืนยง (conformational constraints) ซึ่งสามารถเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมทางชีวภาพของเปปไทด์ที่ได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาเพปไทด์ โดยการปรับเปลี่ยนโครงสร้าง backbone ของเปปไทด์สามารถปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ (pharmacokinetic properties) และความจำเพาะต่อเป้าหมาย (target specificity) นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (structure-activity relationships) ของเปปไทด์ เพื่อช่วยในการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่