เอสเทอร์เบนซิลของ L-ทริปโตเฟน ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับหมู่คาร์บอกซิลของทริปโตเฟน การเอสเทอร์นี้ช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยรักษาความสมบูรณ์ของโซ่เปปไทด์โดยการปกป้องส่วนย่อยของทริปโตเฟนจากการย่อยสลายหรือการดัดแปลงที่ไม่ตั้งใจ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการเตรียมเปปไทด์ชีวภาพและเปปไทด์เลียนแบบ ซึ่งการควบคุมลำดับกรดอะมิโนอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ กลุ่มเอสเทอร์เบนซิลสามารถถูกนำออกอย่างเลือกเฉพาะภายใต้สภาวะอ่อนโยน ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการพัฒนายาและเปปไทด์สำหรับการวิจัย