Benzyl L-tryptophanate hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในรูปแบบที่ป้องกันของ L-tryptophan กลุ่มเอสเตอร์เบนซิลทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่คาร์บอกซิล ป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งการป้องกันและถอนการป้องกันของสายข้างกรดอะมิโนอย่างเลือกเฉพาะเป็นสิ่งสำคัญ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์และซับสเตรต และกลไกการพับตัวของโปรตีน นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ที่เล็งเป้าไปยังโรคต่าง ๆ รวมถึงมะเร็งและโรคทางระบบประสาท ความเสถียรและความง่ายในการจัดการทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในห้องปฏิบัติการเคมีอินทรีย์และการแพทย์