L-N-Boc-5-fluorotryptophan ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในด้านการวิจัยและพัฒนายา เนื่องจากโครงสร้างที่มีหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนในระหว่างการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมและปรับแต่งขั้นตอนการสร้างโมเลกุลได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ หมู่ฟลูออรีนที่ตำแหน่ง 5 ของวงแหวนอินโดลยังช่วยเพิ่มความเสถียรและอิทธิพลต่อกิจกรรมทางชีวภาพของสารประกอบที่สังเคราะห์ขึ้น ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการพัฒนายาต้านมะเร็งและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในกระบวนการสร้างเปปไทด์ที่มีความซับซ้อน และในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และโปรตีนอีกด้วย