L-N-Boc-6-chlorotryptophan ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เปปไทด์และยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบทางชีวภาพที่มีฤทธิ์ มันมีบทบาทในการป้องกันกลุ่มเอมีนระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่เปปไทด์ เพื่อให้มั่นใจในการแปลงสารเคมีแบบเลือกสรร ใช้ในงานวิจัยสำหรับการออกแบบและผลิตเปปไทด์ที่มีทริปโตเฟน ซึ่งจำเป็นในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาท เนื่องจากอนุพันธ์ทริปโตเฟนมีความสำคัญในการสังเคราะห์สารสื่อประสาท โครงสร้างที่มีคลอรีนช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์และกระบวนการค้นพบยา