สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในขั้นตอนของการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันและการเชื่อมโยงเปปไทด์ กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ที่มีอยู่ในโมเลกุลทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่กลุ่ม (2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่ป้องกันกลุ่มอะมิโนอีกกลุ่มหนึ่ง สารนี้ช่วยให้สามารถควบคุมลำดับและการเชื่อมโยงของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งมีความสำคัญอย่างมากในการผลิตเปปไทด์สำหรับงานวิจัยทางชีววิทยาและยา นอกจากนี้ยังใช้ในเทคโนโลยีการสร้างไลบรารีเปปไทด์สำหรับการค้นหายาใหม่ ๆ และการศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนกับเปปไทด์