Boc-pentafluoro-L-beta-homophenylalanine ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Boc ช่วยปกป้องฟังก์ชันอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถถอดการป้องกันได้อย่างเลือกสรรเมื่อจำเป็น การแทนที่ด้วย pentafluoro ช่วยเพิ่มความเสถียรของสารและสามารถส่งผลต่อคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์ของเปปไทด์ที่ได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ สารเคมีนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการวิจัยที่มุ่งสร้างยาหรือโปรบ 기반เปปไทด์ โดยที่การควบคุมโครงสร้างและหน้าที่ของเปปไทด์อย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เป็นผู้สมัครสำหรับการศึกษาทางวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยที่เปปไทด์ที่ปรับปรุงแล้วสามารถใช้ในการออกแบบชีววัสดุใหม่