ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับกรดอะมิโน โดยเฉพาะสำหรับสายข้างของ diaminobutyric acid (Dab) กลุ่ม Boc ปกป้องส่วนอะมิโนปลาย (amino terminus) ในขณะที่กลุ่ม Fmoc ปกป้องอะมีนของสายข้าง (side chain amine) ซึ่งช่วยให้สามารถถอดป้องกันแบบเลือกเพศได้ในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (solid-phase peptide synthesis) สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนด้วยลำดับเฉพาะ รับประกันปฏิกิริยาที่ควบคุมได้และความบริสุทธิ์สูงในผลิตภัณฑ์สุดท้าย การประยุกต์ใช้ของมันจำเป็นอย่างยิ่งในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาเพปไทด์และโมเลกุลชีวภาพ