สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์และสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพอื่นๆ มันทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับอะมีนในปฏิกิริยาเคมีที่ซับซ้อน เพื่อให้แน่ใจว่ากลุ่มฟังก์ชันเฉพาะจะไม่ได้รับผลกระทบ ในขณะที่ส่วนอื่นๆ ของโมเลกุลถูกปรับเปลี่ยน กลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) ของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ เนื่องจากสามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนโดยไม่รบกวนโครงสร้างหลักของเปปไทด์ นอกจากนี้ กลุ่มเมทอกซี่ยังให้ความเสถียรและความเลือกสรรเพิ่มเติมในกระบวนการสังเคราะห์ สารประกอบนี้มักใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนาผู้สมัครยา และในการวิจัยทางวิชาการสำหรับการศึกษากลไกทางชีวเคมีและปฏิสัมพันธ์โมเลกุล