ไกลซีน เบนซิล เอสเทอร์ ไฮโดรคลอไรด์ ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับหมู่คาร์บอกซิลของไกลซีน มันช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ กลุ่มเบนซิลเอสเทอร์สามารถถูกกำจัดได้ง่ายโดยการไฮโดรเจนโอลิซิส ทำให้เป็นตัวเลือกที่สะดวกสำหรับการปกป้องชั่วคราวในการสังเคราะห์อินทรีย์ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาเพปไทด์ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการวิจัยที่ต้องการการปล่อยไกลซีนแบบควบคุมสำหรับการศึกษาไบโอเคมี