FMOC-CYS(BZL)-OH ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการที่นิยมในการสร้างสายเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่ม FMOC ในโมเลกุลทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่ฟังก์ชันของกรดอะมิโน ทำให้สามารถควบคุมและเลือกการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ กลุ่ม BZL (เบนซิล) ยังช่วยป้องกันหมู่ไทออลของซีสเตอีนไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ การใช้สารนี้ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความแม่นยำในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน และมักถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาและสารชีวโมเลกุลใหม่ๆ