Fmoc-D-Orn(Boc)-OH เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-Phase Peptide Synthesis (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc ปกป้องหมู่อะมิโน และกลุ่ม Boc ปกป้องสายข้างของ ornithine (D-ornithine) ซึ่งช่วยให้สามารถถอดการป้องกันและเชื่อมต่อได้อย่างเลือกสรรในระหว่างการประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอน การประยุกต์ใช้ของสารนี้มีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัย ยา และเทคโนโลยีชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาเปปไทด์ วักซีน และเครื่องมือวินิจฉัย เนื่องจากความเสถียรและความเข้ากันได้กับเครื่องสังเคราะห์เปปไทด์อัตโนมัติ