Boc-Orn(Alloc)-OH ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ป้องกันหมู่อะมิโนหลัก และกลุ่ม Alloc (allyloxycarbonyl) ป้องกันหมู่อะมิโนด้านข้างของออร์นิธีีน การป้องกันแบบคู่นี้ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกได้ในกระบวนการสังเคราะห์ สนับสนุนการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบทีละขั้นตอน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีกลุ่มฟังก์ชันหลายกลุ่ม ซึ่งต้องการกลุ่มป้องกันแบบออร์โธกอนอลเพื่อหลีกเลี่ยงปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการเตรียมยาที่มีฐานเปปไทด์ วัสดุชีวภาพ และเครื่องมือวิจัยในชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล กลุ่ม Alloc สามารถถอดออกภายใต้สภาวะอ่อนโยนโดยใช้ตัวเร่งปฏิกิริยาพัลลาเดียม ทำให้เหมาะสำหรับลำดับเปปไทด์ที่ละเอียดอ่อน