Boc-L-Methionine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะตัวป้องกันกลุ่มอะมิโนของเมไทโอนีน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะเจาะจงระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ และป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) ซึ่งช่วยในการประกอบเปปไทด์ทีละขั้นตอน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเปปไทด์ที่ดัดแปลงและโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ โดยกลุ่ม Boc สามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนโดยไม่กระทบต่อกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ ความเสถียรและความเข้ากันได้กับปฏิกิริยาเคมีหลากหลายทำให้เป็นตัวเลือกที่ได้รับความนิยมในการวิจัยเคมีอินทรีย์และเคมียา