Boc-3,3-diphenyl-D-alanine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ของมันทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันอะมีน ป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งการควบคุมการรวมกรดอะมิโนอย่างแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเปปโตไทด์เลียนแบบ (peptidomimetics) และเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ สนับสนุนการวิจัยในการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์และซับสเตรต และการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์